2015年7-9月，加州伯克利大学和清华大学先后各自通过两校联合办学协议；清华-伯克利深圳学院筹备办公室完成法人注册；首批2015级博士新生入学，秋季学期培养工作顺利进行。10月20日，TBSI在南山智园正式揭牌。

清华大学深圳国际研究生院-耶鲁大学医疗卫生管理硕士双学位项目。

清华大学深圳国际研究生院-首尔大学工学院环境专业研究生教育合作备忘录。推进及形成在环境工程领域硕士及博士的联合学位或双学位的实质性合作。

清华大学深圳国际研究生院-亚琛工业大学机械工程学院硕士联合培养项目。每年选定数十名优秀学生到亚琛工业大学汽车工程系和生产工程系进行研究生课程学习，并且每年可派3 - 5名教师赴德进行课程学习和交流。

2016年12月6日，澳大利亚墨尔本大学与我院签署了合作意向书，拟在大数据与信息科学、智能互联网、生命与健康等领域展开合作。

2018年3月，清华大学医院管理研究院与美国哈佛大学公共卫生学院签署合作备忘录。双方约定在医药卫生体制改革研究、教师学生交流、人才培养等方面开展广泛的合作，共同促进中国卫生健康事业的发展。此次合作备忘录的签订标志着清华大学医院管理2018年3月，清华大学医院管理研究院与美国哈佛大学公共卫生学院签署合作备忘录。双方约定在医药卫生体制改革研究、教师学生交流、人才培养等方面开展广泛的合作，共同促进中国卫生健康事业的发展。此次合作备忘录的签订标志着清华大学医院管理

2016年11月11日，我院与悉尼大学在悉尼大学中国中心落成典礼上签署了框架协议。该协议旨在推动双方建立研究生层面的双学位教育合作项目。

2016年11月11日，我院与滑铁卢大学环境学院签署了“清华大学-滑铁卢大学研究生教育合作协议”。深圳研究生院与滑铁卢大学的此项协议旨在推动两校建立合作科研项目、实现教学科研信息交流互换、开展师生合作交流互访，以及开设硕士生双学位项目。

2004年，清华与香港中文大学合作举办的 “金融管理硕士课程”项目正式在清华深圳研究生院设立。