截至2025年12月，我院正在运行的联合建立的科研机构共4个，分别如下：
清华大学深圳国际研究生院-创新新材料科技股份有限公司工业具身智能机器人联合研究中心
清华大学深圳国际研究生院-美的集团股份有限公司智能制造联合研究中心
清华大学深圳国际研究生院-华润饮料(控股)有限公司微生物控制与应用技术联合研究中心
清华大学深圳国际研究生院-四川沁溪新材料集团有限公司高性能纳米纤维及超材料联合研究中心
