清华大学深圳国际研究生院目前在册学生社团约50个，分为文化交流、艺术体育、学术科技、公益志愿服务、国际交流等类别，在院党委和团委的指导下开展学生活动。立足深圳，根系清华，国际研究生院发展和培养了颇具深圳特色的学生社团，举办了包括“校庆＆院庆嘉年华社团游园会”“社团评优答辩暨社团风采展示大会”“社团游园会暨联合招新”等品牌活动，活跃了校园文化氛围，助力学生社团的蓬勃发展。

社团积极开展特色活动，马拉松协会“毕业跑”、足球协会“院庆友谊赛”、龙舟协会“龙舟表演赛”等体育类活动传承了“无体育，不清华”的清华体育精神；海树话剧社“年度大戏”、DK5s街舞社展演彰显了“有美育，更清华”的校园美育氛围；碳中和知识科普、心理健康培训、职业发展培训提供全方位的指导。其中，马拉松协会和足球协会曾荣获“清华大学研究生十佳体育俱乐部”称号，龙舟协会曾获“优秀俱乐部”称号。各社团多元的活动极大地丰富了同学们的课余生活，在思想引领、知识科普等诸多方面发挥了重要作用，提升了学院社团在深圳的影响力。