根据《清华大学深圳国际研究生院科研机构管理规定》，学院科研机构根据其批准设立的主体不同，分为三类，包括政府批建机构、学院自主设立机构和学院与校外独立法人单位联合共建机构。

截至2024年10月31日，清华大学深圳国际研究生院正在运行的科研机构共132个。