2008年，清华大学深圳研究生院各项工作取得新进展。人才培养规模扩大，质量提高。年内，该院在学的全日制研究生有1573人(硕士生1298人，博士生275人)。截止2008年底，该院已累计招收培养各类学生8000余人，其中全日制研究生3197人(硕士生2778人，博士生419人)。该院有6名博士毕业生获2008年清华大学优秀博士学位论文奖，7名硕士毕业生获2008年清华大学优秀硕士学位论文奖;有3名博士研究生获得“清华大学优秀博士毕业生”称号。截至年底，该院有专职教师139人(含博士后34人、双聘教授9人)，兼职教师28人。专职教师中，具有高级职称者70人，占专职教师人数的50% ;教授有41人，占高级职称人数的59 % ;具有博士学位者113 人，占专职教师总人数的81 %;具有海外留学和工作经历的教师43人，约占31%。在该院100多位双基地教师中包括钱易、卢强、朱静、陈肇元、陈立泉5位院士;聘请郑健超、姚新生、袁隆平、孔祥復、辛世文、李立浧等9位院士为双聘教授，参与指导研究生和科研工作。至年底，在院担任双聘教授和各学科带头人的院士达11人。学科与实验室建设扎实推进。年内，该院“深圳市物流工程与仿真重点实验室”通过验收;工业生态与环境检测中心通过实验室计量认证现场评审。科学研究获得新成果。年内，针对“三聚氰胺”奶粉事件，该院广东省化学生物学重点实验室与有关单位共同承担了深圳及周边地区的“三聚氰胺”快速检测任务;生命学部“鲍鱼脱板病病因学研究及健康养殖技术示范”项目通过验收;参与研发的《汽车用动力型锂离子电池系统的开发和产业化》项目,荣获了东莞市“市长奖”。6月27日，在深圳市2007年度科技创新奖励大会上，该院“小分子化合物对肿瘤细胞调控的研究”和“P2P架构的流媒体数字版权保护平台”两项科研成果获“深圳市科技创新奖”高等院校类奖项。年内，该院共承担纵横向项目214项，其中纵向科研课题123项，横向科研课题91项，到帐经费达5511.62万元;发表论文166篇;新申请发明专利47项，实用新型2项，获得授权20项发明专利、1项实用新型专利;获得科研奖励及荣誉13项，其中省部级奖励3项，其他奖励10项。对外交流与合作不断拓展。年内，该院于英国南安普敦大学、日本京都大学、意法半导体公司、香港中文大学、法国卡恩工程师学院签署学术交流协议;接受法国、英国、克罗地亚等地4名留学生进行短期实习及课题调研;派出5名学生前往美国实习;与日本京都大学、法国ENSICAEN和普瓦捷大学、英国南安普敦大学等高校开展定期学生互访。年内，该院举办了中英能源科技可持续发展研讨会、中英“海岸带生态系统管理与政策-从生态健康到公众健康”学术研讨会、清华—南安普敦网络科学实验室揭牌暨万维网与产业研讨会等3个国际会议。

2008年3月18日，深圳市政协常务副主席王顺生、副主席姜忠率市政协调研组一行到清华大学深圳研究生院调研。

 2008年4月28日，清华大学深圳研究生院与英国南安普敦大学举行共建“清华—南安普敦网络科学深圳实验室”签约仪式。