倪峙旭

倪峙旭，清华大学深圳国际研究生院数据与信息研究院，助理教授，博士生导师。长期聚焦基于质谱方法的脂质组学（Lipidomics）研究，自2017年以来，已累计开发了多款脂组学相关软件，涵盖脂质结构鉴定（LipidHunter, LPPtiger），脂质组学高级可视化，脂组学名称转换（LipidLynxX），脂质谱图数据库（PartialDB）等。总计在Nature Methods，Nature Communications, Analytical Chemistry，Free Radical Biology and Medicine等期刊以第一作者，通讯作者及合作者发表30篇论文。

近五年来，在自主研发的脂质组学工具基础上，继续开发湿实验与干实验相结合的新型脂质结构的鉴定方法，主导开发了多项人工智能辅助脂质组学数据分析及可视化工具，进一步探索人工智能在脂质组学与多组学（Multiomics）整合分析方法及其在精准医学等领域的应用。

2012年12月-2017年10月，德国莱比锡大学，脂质组学，博士

2010年10月-2012年11月，德国莱比锡大学，分析化学专业，硕士

2009年10月-2010年03月，德国耶拿大学，药学专业，交换生（本科毕业论文项目）

2006年09月-2010年06月，武汉大学，药学专业，学士

2025年06月-至今，清华大学深圳国际研究生院，助理教授

2023年03月-2023年04月，捷克科学院有机化学与分析化学研究所，访问学者

2021年08月-2024年06月，德国德累斯顿工业大学，博士后

2017年12月-2021年07月，德国莱比锡大学，博士后

Analytical Chemistry，BMC Biology, Free Radical Biology and Medicine, iScience，Journal of Chromatography A，Metabolites，Nature Communications 等国际学术期刊的独立审稿人

学术组织成员：

2020/10 – 至今，EpiLipidNET - European Cooperation in Science and Technology (CA19105)，成员

2020/08 – 至今，Metabolomics society，成员

2020/06 – 至今，International lipidomics society (iLS)，成员

课题组主要研究方向以脂质组学为核心，涵盖仪器方法研究，软件开发，数据分析及人工智能在脂质组学中的应用等。主要致力于将人工智能融入新一代脂质组学质谱分析技术和相关数据分析方法工具的开发，探索AI赋能的脂质组学在人类健康中的应用，具体包括：

1. 结构脂质组学：表观脂质组和脂质组“暗物质”等新型脂质结构的鉴定与方法学研究。

2. 脂质组学数据处理及相关工具的开发：包括结构鉴定工具，数据可视化，脂质组数据库等应用。

3. 深度脂质组测定：针对不同样本，开发高质量高可靠性的干湿闭环分析检测与数据解析方案。

4. 人工智能在脂质组学中的应用：AI赋能的脂质代谢网络及系统生物学在精准医疗中的应用。

[1] Zhixu Ni, Michele Wölk, Geoff Jukes, Karla Mendivelso Espinosa, Robert Ahrends, Lucila Aimo, Jorge Alvarez-Jarreta et al. Guiding the choice of informatics software and tools for lipidomics research applications. Nature methods 20, no. 2 (2023): 193-204.

[2] Tito Damiani, Stefano Bonciarelli, Gerhard G. Thallinger^#, Nikolai Koehler; Christoph A. Krettler, Arif K. Salihoğlu, Ansgar Korf, Josch K. Pauling, Tomáš Pluskal, Zhixu Ni^#, Laura Goracci^#.Software and computational tools for LC-MS-based epilipidomics: Challenges and solutions. Analytical chemistry 95, no. 1 (2023): 287-303. （#: 共通讯）

[3] Criscuolo, Angela, Palina Nepachalovich, Diego Fernando Garcia-del Rio, Mike Lange, Zhixu Ni, Massimo Baroni, Gabriele Cruciani, Laura Goracci, Matthias Blüher, and Maria Fedorova. Analytical and computational workflow for in-depth analysis of oxidized complex lipids in blood plasma. Nature Communications 13, no. 1 (2022): 6547.

[4] Lange, Mike, Georgia Angelidou, Zhixu Ni, Angela Criscuolo, Jürgen Schiller, Matthias Blüher, and Maria Fedorova. AdipoAtlas: A reference lipidome for human white adipose tissue. Cell Reports Medicine 2, no. 10 (2021).  

[5] Harald C. Köfeler, Thomas O. Eichmann,Robert Ahrends, John A.Bowden, Niklas Danne-Rasche, Edward A.Dennis, Maria Fedorova, … Zhixu Ni, Valerie B. O’Donnell, Oswald Quehenberger, Dominik Schwudke, Andrej Shevchenko,Michael J. O. Wakelam, Markus R. Wenk, Denise Wolrab & Kim Ekroos Quality control requirements for the correct annotation of lipidomics data. Nature communications 12, no. 1 (2021): 4771.

[6] Zhixu Ni, Laura Goracci, Gabriele Cruciani, and Maria Fedorova. Computational solutions in redox lipidomics–Current strategies and future perspectives. Free Radical Biology and Medicine 144 (2019): 110-123.

[7] Lange, Mike, Zhixu Ni, Angela Criscuolo, and Maria Fedorova. Liquid chromatography techniques in lipidomics research. Chromatographia 82 (2019): 77-100.

[8] Zhixu Ni^*, Bebiana C. Sousa*, Simone Colombo, Catarina B. Afonso, Tania Melo, Andrew R. Pitt, Corinne M. Spickett et al. Evaluation of air oxidized PAPC: A multi laboratory study by LC-MS/MS. Free Radical Biology and Medicine 144 (2019): 156-166. (*: 共一)

[9] Zhixu Ni, Georgia Angelidou, Ralf Hoffmann, and Maria Fedorova. LPPtiger software for lipidome-specific prediction and identification of oxidized phospholipids from LC-MS datasets. Scientific reports 7, no. 1 (2017): 15138.

[10] Zhixu Ni, Georgia Angelidou, Mike Lange, Ralf Hoffmann, and Maria Fedorova. LipidHunter identifies phospholipids by high-throughput processing of LC-MS and shotgun lipidomics datasets. Analytical Chemistry 89, no. 17 (2017): 8800-8807.

[11] Zhixu Ni, Ivana Milic, and Maria Fedorova. Identification of carbonylated lipids from different phospholipid classes by shotgun and LC-MS lipidomics. Analytical and bioanalytical chemistry 407 (2015): 5161-5173.

Zhixu Ni, and Maria Fedorova. 2017. “Oxidized (Phospho)Lipids.” Encyclopedia of Lipidomics, edited by Markus R. Wenk, 1–6. Dordrecht: Springer Netherlands. (图书章节)

2023年，第4届欧盟表观脂质组学组织（EpiLipidNet）年会最佳口头报告奖（唯一获奖人）

2020年，自主开发的LipidLynxX软件获PyCharm十年优秀Python项目 （10个获奖项目之一）

2018年，德国联邦教研部（BMBF） e:Med系统生物学项目年会优秀海报奖（3名获奖人之一）

2017年，脂组学论坛（Lipidomics Forum）2017年最佳口头报告奖（排名第一，共两人获奖）

2013年，第46届德国质谱协会（DGMS）年会优秀海报奖（3名获奖人之一）